Ωστόσο στο ζήτημα της πρόσληψης πρόσθετου έκτακτου εκπαιδευτικού προσωπικού, ιδιαίτερα για τα τμήματα και τις κατευθύνσεις οι οποίες δεν διαθέτουν μόνιμο εκπαιδευτικό προσωπικό, όπως τα Τμήματα της Διατροφής και Διαιτολογίας στην Καρδίτσα, και των Πολιτικών Μηχανικών ΤΕ στα Τρίκαλα, τα οποία δεν θα είναι σε θέση να λειτουργήσουν κατά το νέο ακαδημαϊκό έτος, ελλείψει Εκπαιδευτικού Προσωπικού., υπήρξε η κατηγορηματική δήλωσή του ότι οι θέσεις για έκτακτο προσωπικό θα είναι γενικά πολύ περιορισμένες, συνολικά 170 θέσεις για τα Πανεπιστήμια και τα ΤΕΙ .
Ο πρόεδρος του ΤΕΙ επισήμανε στον Γενικό Γραμματέα πωςαν τελικά δεν αλλάξει στάση το υπουργείο, δημιουργείται σοβαρό πρόβλημα στη λειτουργία πολλών Τμημάτων από τον Σεπτέμβριο.
Η Αντιπροσωπεία του ΤΕΙ έθεσε στον Γενικό Γραμματέα το ζήτημα της μεταφοράς των σπουδαστών και του εκπαιδευτικού προσωπικού του Τμήματος της Δασοπονίας και Διαχείρισης Φυσικού Περιβάλλοντος του Παραρτήματος Καρδίτσας στο Καρπενήσι από την 1η Σεπτεμβρίου, γεγονός το οποίο θα προκαλέσει σοβαρή αναστάτωση στους σπουδαστές, αλλά και στο μόνιμο εκπαιδευτικό προσωπικό. Ζητήσαμε να δοθεί 5ετής παραμονή, όπως και σε άλλες παρόμοιες περιπτώσεις. Για το θέμα αυτό δόθηκαν οι διαβεβαιώσεις ότι έχει ήδη δρομολογηθεί σχετική τροπολογία για την ύπαρξη μεταβατικής περιόδου, ώστε να ολοκληρώσουν οι υφιστάμενοι σπουδαστές τις σπουδές τους στην Καρδίτσα.
Τέθηκε επίσης το θέμα της παράληψης της κατεύθυνσης της Διοίκησης Επιχειρήσεων στο Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων,παράλληλα με τις κατευθύνσεις της Διοίκησης Τουριστικών Επιχειρήσεων, Διοίκησης και Διαχείρισης Έργων και Μάρκετινγκ. Και για το θέμα αυτό δόθηκαν διαβεβαιώσεις, ότι έχει δρομολογηθεί η διόρθωση της σχετικής διάταξης, με προσθήκη και της κατεύθυνσης Διοίκησης Επιχειρήσεων.
Η αντιπροσωπεία του ΤΕΙ έθεσε και το ζήτημα ότι η έδρα της Σχολής Τεχνολογίας Γεωπονίας και Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφήςορίζεται με βάση το σχετικό Προεδρικό Διάταγμα στην Καρδίτσα, γεγονός που θα δημιουργήσει προβλήματα, τόσο στη λειτουργία της Σχολής, όσο και του ΤΕΙ Θεσσαλίας, αφού η πλειοψηφία του εκπαιδευτικού προσωπικού, των διοικητικών υπηρεσιών, αλλά και των εγκαταστάσεων (Αγρόκτημα, εγκαταστάσεις, μηχανήματα κ.λπ.) βρίσκονται στη Λάρισα, επομένως ο Διευθυντής της Σχολής δεν μπορεί να βρίσκεται στην Καρδίτσα, διότι δεν μπορεί να παρακολουθεί, να ελέγχει και να εγκρίνει δαπάνες που θα πραγματοποιηθούν στο Αγρόκτημα το οποίο βρίσκεται στη Λάρισα. Πέραν αυτών το εκπαιδευτικό προσωπικό στην Λάρισα είναι 44 μόνιμοι Καθηγητές και στην Καρδίτσα μόνο 8, το ΕΤΠ στην Λάρισα είναι 9 και 1 στην Καρδίτσα, 3 διοικητικοί στην Λάρισα και ένας στην Καρδίτσα, 9 εργαζόμενοι διαφόρων ειδικοτήτων στην Υπηρεσία του Αγροκτήματος στην Λάρισα, ενώ στην Καρδίτσα δεν υπάρχει αγρόκτημα. Για το θέμα αυτό ο κ. Γενικός Γραμματέας δήλωσε ότι δεν το γνωρίζει και θα μεταφέρει το αίτημα στο Υπουργό. (Για αυτό το θέμα ο Πρόεδρος του Ιδρύματος κ. Π. Γούλας κατέθεσε υπόψη του σχετικό έγγραφο, μαζί με το πρακτικό της ομόφωνης απόφασης της Συνέλευσης του Ιδρύματος).
Την Τετάρτη 11 Ιουλίου 2013 ο Πρόεδρος του Ιδρύματος θα βρίσκεται στο Υπουργείο, οπότε θα ξανασυζητηθούν όλα τα θέματα.